Die Stiftung verfolgt ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Zwecke im Sinne des Abschnitts „Steuerbegünstigte Zwecke“ der Abgabenordnung in der jeweils aktuell geltenden Fassung. Die Körperschaft ist selbstlos tätig; sie verfolgt nicht in erster Linie eigenwirtschaftliche Zwecke.

Gegenstand der Stiftung ist die Förderung der Wissenschaft durch Forschung auf dem Gebiet des Umweltschutzes, insbesondere der Verfahrenstechnik zur Aufbereitung von Prozess- und Trinkwasser sowie von Abwasser.

Zur Erfüllung des Stiftungszwecks hat sich die Stiftung der einschlägigen Institute bzw. Fachbereiche der Technischen Universitäten und Universitäten in Deutschland, vorrangig an der Universität Stuttgart, zu bedienen, die in Forschung und Lehre auf dem Gebiet der Verfahrenstechnik zur Aufbereitung von Prozess- und Trinkwasser sowie von Abwasser tätig sind.

Einzelheiten zur Förderung von Forschungsvorhaben sind in den Richtlinien der Willy-Hager-Stiftung zur Förderung von Forschungsvorhaben geregelt. 

Entsprechende Zuwendungen können auch den einschlägigen Hochschulen in Deutschland zur Verfügung gestellt werden. Die Entscheidung darüber trifft der Stiftungsrat.

Darüber hinaus vergibt die Stiftung jährlich den Willy-Hager-Preis an junge Nachwuchswissenschaftler/innen für hervorragende Arbeiten auf dem Gebiet der Wasser- oder Abwasseraufbereitung.

Alle drei Jahre wird die Willy-Hager-Medaille an eine Persönlichkeit verliehen, die sich in hervorragender Weise um die wissenschaftliche Erforschung der Grundlagen und Verfahren der Wasseraufbereitung und der Abwasserreinigung verdient gemacht hat